La scuola Secondaria di 1°grado di Sant’Apollinare è situata in corso Garibaldi, attigua alla scuola Primaria, in un unico grande edificio, ex sede amministrativa dell’Istituto Comprensivo Don Bosco di Sant’Apollinare, nel quale sono presenti 3 classi sez. D di scuola Secondaria. La struttura è dotata di spazi comuni per i due gradi di scuola: una palestra, un laboratorio di informatica, una sala docenti e un auditorium nel quale si svolgono varie attività. All'esterno, è attiguo alla scuola, il campo di calcio comunale utilizzato per le attività sportive. L’orario di funzionamento della scuola Secondaria è su 5 giorni, dal Lunedì al Venerdì.